1881年(明治14年)8月13日、米国長老教会宣教師トマス・C・ウインによって伝道が開始されました。
富山市で最も古くからのプロテスタント教会です。
それ以来、長老教会の伝統に立つ教会として120余年の歴史をこの地で刻んできました。

1903年(明治36年)9月26日、総曲輪4丁目に会堂が建築。以来「日本基督富山伝道教会」として伝道が続けられます。
1941年(昭和16年)の日本基督教団成立により「日本基督教団富山総曲輪教会」となりました。
しかし、1945年(昭和20年)8月2日未明、富山大空襲で会堂を焼失し、礼拝を守ることができなくなりました。

1952年(昭和27年)8月12日、米軍のカマボコ型兵舎を利用して会堂を再建。
1960年(昭和35年)11月13日に新しい会堂を建築しました。

教会の成長に伴いこの会堂が狭くなってきたため、1985年(昭和60年)12月、現在の鹿島町に新会堂を建築し、移転しました。
これに伴って教会の名称を「日本基督教団富山鹿島町教会」と変更しました。

※富山鹿島町教会は伝統的なキリスト教会です。「ものみの塔」「モルモン教会」「統一原理」とは一切関係がありません。